"Nezbytným krokem k tomu, abyste od života získali věci, po kterých toužíte, je rozhodnout se, co vlastně chcete."
Pokud nemůžete udělat v souboru nový řádek s pomocí:
fprintf(fid,'radek \n novy radek')
patrně jste jej neotevřeli v textovém módu (přepínač "t" v fopen), např.:
fopen('soubor.txt','wt')
Reference Can't make newline in txt file - Newsreader - MATLAB Central.
.